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Saccharomyces cerevisiae KNU5377 has potentialas an industrial strain that can ferment wasted paper for fuelethanol at 40oC [15, 16]. To understand the characteristics ofthe strain, genome-wide expression was performed usingDNA microarray technology. We compared the homology ofthe DNA microarray between genomic DNAs of S. cerevisiaeKNU5377 and a control strain, S. cerevisiae S288C.Approximately 97% of the genes in S. cerevisiae KNU5377were identified with those of the reference strain. YHR053c(CUP1), YLR155c (ASP3), and YDR038c (ENA5) showedlower homology than those of S. cerevisiae S288C. Inparticular, the differences in the regions of YHR053c andYLR155c were confirmed by Southern hybridization, but didnot with that of the region of YDR038c. The expression levelof mRNA in S. cerevisiae KNU5377 and S288C was alsocompared: the 550 ORFs of S. cerevisiae KNU5377 showedmore than two-fold higher intensity than those of S. cerevisiaeS288C. Among the 550 ORFs, 59 ORFs belonged to the groupsof ribosomal proteins and mitochondrial ribosomal proteins,and 200 ORFs belonged to the group of cellular organization.DIP5 and GAP1 were the most highly expressed genes. Theseresults suggest that upregulated DIP5 and GAP1 might take theplace of ASP3 and, additionally, the sensitivity against coppermight be contributable to the lowest expression level of copperbindingmetallothioneins encoded by CUP1a (YHR053c) andCUP1b (YHR055c) in S. cerevisiae KNU5377.

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