지원사업
학술연구/단체지원/교육 등 연구자 활동을 지속하도록 DBpia가 지원하고 있어요.
커뮤니티
연구자들이 자신의 연구와 전문성을 널리 알리고, 새로운 협력의 기회를 만들 수 있는 네트워킹 공간이에요.
초록· 키워드
오류제보하기
최근 건강 기능성 식품으로 주목받고 있는 누에가 품종 간 기능성 차이를 나타냄에 따라 품종판별에 대한 필요성이 대두되고 있다. 본 연구에서는 누에의 유전체 내에 존재하는 단일염기가형성(SNP)를 바이오 마커로 이용해 10개의 누에 품종(백황잠, 백옥잠, 대백잠, 대박잠, 대황잠, 골든실크, 항생잠, 주황잠, 금강잠 및 금옥잠)을 판별하기 위하여 전장유전체를 분석하였다. 또한 각 품종 특이적인 SNP를 선발하여 품종을 판별하고자 9개의 SNP를 선발하고 각 품종을 교차 검증 할 수 있는 결정 트리를 작성하여 순차적인 분석을 통한 품종 구분을 실시하였다. 대황잠과 골든실크 그리고 금강잠과 대박잠을 구분하는 각각의 SNP867 및 SNP9183에 대해서는 Restriction fragment length polymorphism을 이용하고, 그 외의 SNP에 대해서는 Tetra-primer Amplification Refractory Mutation System을 이용하여 분석하였다. 그 결과 SNP780부터 SNP9183까지 9개의 SNP를 이용하여 동일 집단을 분리하거나 품종을 선발할 수 있었으며, 해당 영역에 대한 염기서열 분석 결과 대립 유전자가 일치함을 확인하였다. 이러한 결과를 종합해볼 때, 누에 전체 게놈의 SNP와 결정 트리를 이용한 방법은 누에 품종 구분을 위한 판별마커로 이용 가치가 높을 것으로 판단된다.
목차
서론
재료 및 방법
결과 및 고찰
References
초록
참고문헌 (26)
참고문헌 신청
Ahn, H. Y., Cha, J. Y., Park, K. R., Kim, Y. R. and Cho, Y. S. 2013. Improvement effect of fermented silkworm (Bombyx mori L.) power against orotic acid-induced fatty liver in rats. J. Life Sci. 23, 789-795.
Bolger, A. M., Lohse, M. and Usadel, B. 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30, 2114-2120.
Bosco, D., Loria, A., Sartor, C. and Cenis, J. L. 2006. PCR-RFLP identification of Bemisia tabaci biotypes in the Mediterranean Basin. Phytoparasitica 34, 243-251.
Danecek, P., Auton, A., Abecasis, G., Albers, C. A., Banksn, E., DePristo, M. A., Handsaker, R. E., Lunter, G., Marth, G. T., Sherry, S. T., McVean, G. and Durbin, R. 2011. The variant call format and VCFtools. Bioinformatics 27, 2156-2158.
Groeneveld, L. F., Lenstra, J. A., Eding, H., Toro, M. A., Scherf, B., Pilling, D., Negrini, R., Finlay, E. K., Jianlin, H., Groeneveld, E., Weigend, S. and Globaldiv, C. 2010. Genetic diversity in farm animals-a review. Anim. Genet. 41, 6-31.
Bolger, A. M., Lohse, M. and Usadel, B. 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 30, 2114-2120.
Bosco, D., Loria, A., Sartor, C. and Cenis, J. L. 2006. PCR-RFLP identification of Bemisia tabaci biotypes in the Mediterranean Basin. Phytoparasitica 34, 243-251.
Danecek, P., Auton, A., Abecasis, G., Albers, C. A., Banksn, E., DePristo, M. A., Handsaker, R. E., Lunter, G., Marth, G. T., Sherry, S. T., McVean, G. and Durbin, R. 2011. The variant call format and VCFtools. Bioinformatics 27, 2156-2158.
Groeneveld, L. F., Lenstra, J. A., Eding, H., Toro, M. A., Scherf, B., Pilling, D., Negrini, R., Finlay, E. K., Jianlin, H., Groeneveld, E., Weigend, S. and Globaldiv, C. 2010. Genetic diversity in farm animals-a review. Anim. Genet. 41, 6-31.
함께 읽어보면 좋을 논문
논문 유사도에 따라 DBpia 가 추천하는 논문입니다. 함께 보면 좋을 연관 논문을 확인해보세요!
-
단감 품종 판별을 위한 single nucleotide polymorphism 마커 적용 검정
생명과학회지
2020 .07
-
Investigation of high correlation with carcass traits of SNPs of the PLCB1, C/EBPα, and TDRKH genes and the combinations of SNPs using the MDR method in the Hanwoo
Genes & Genomics
2021 .08
-
Customized multiplexing SNP panel for Korean-specific DNA phenotyping in forensic applications
Genes & Genomics
2017 .01
-
Minimac3와 Beagle 프로그램을 이용한 한우 770K chip 데이터에서 차세대 염기서열분석 데이터로의 결측치 대치의 정확도 분석
생명과학회지
2018 .11
-
한국산과 중국산 새꼬막(Scapharca subcrenata)의 원산지 판별을 위한 SNP 마커의 개발 및 검증
생명과학회지
2023 .12
-
Evaluation of the classification method using ancestry SNP markers for ethnic group
CSAM(Communications for Statistical Applications and Methods)
2019 .01
-
품종에 따른 국내산 누에의 항산화 활성 비교
생명과학회지
2021 .11
-
Deep Learning Identification of the Gene-Gene Interactions without the Need of thorough Investigation of Each Genomic Combination
Journal of The Korean Data Analysis Society
2017 .01
-
Influence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genetic susceptibility towards periprosthetic osteolysis
Genes & Genomics
2019 .01
-
A Novel Single Nucleotide Polymorphism of the Leptin Receptor Gene Associated with Backfat Thickness in Duroc Pigs
생명과학회지
2016 .01
-
미생물을 이용한 은 나노입자 생합성
생명과학회지
2018 .11
-
팽이버섯(Flammulina velutipes)의 Genome-wide SNP (Single Nucleotide Polymorphism)에 의한 계통 분석
한국균학회지
2015 .01
-
Whole genome sequencing analysis of horse populations inhabiting the Korean Peninsula and Przewalski’s horse
Genes & Genomics
2019 .01
-
Characterization of a novel y-type high molecular weight glutenin subunit at Glu-D1 locus
Genes & Genomics
2017 .01
-
Minor alleles in the FTO SNPs contributed to the increased risk of obesity among Korean adults: meta-analysis from nationwide big data-based studies
Nutrition Research and Practice
2023 .02
-
Minor alleles in the FTO SNPs contributed to the increased risk of obesity among Korean adults: meta-analysis from nationwide big data-based studies
Nutrition Research and Practice
2023 .02
-
A novel approach of kinship determination based on the physical length of genetically shared regions of chromosomes
Genes & Genomics
2024 .05
-
Parallel GWAS Calculation Compared with OpenMP and OpenACC
Journal of The Korean Data Analysis Society
2017 .01
-
베이지안 회귀를 이용한 국내 홀스타인 젖소의 유량형질 관련DGAT1유전자 효과 검증
한국데이터정보과학회지
2015 .12
-
In vivo evidence on the functional variation within fatty acid synthase gene associated with lipid metabolism in bovine longissimus dorsi muscle tissue
Genes & Genomics
2018 .01
이 논문의 저자 정보
이 논문과 함께 이용한 논문
COVID-19 Virus Whole-genome Embedding Strategy through Density-based Clustering and Deep Learning Model
박민우
,
이상선
,
성인영
외 3명
Journal of KIISE
2022
.04
재래흑염소와 교잡종 염소의 Monomorphic SNP 분석을 통한 유전적 다양성과 집단구조의 비교 및 검증
김관우
,
이진욱
,
이은도
외 5명
생명과학회지
2020
.11
단일염기다형성 상위성 네트워크를 구성하기 위한 분할표를 생성하는 빠른 알고리즘의 설계
왕세희
,
위규범
한국컴퓨터정보학회 학술발표논문집
2016
.07
최근 본 자료
댓글(0)
0
UCI(KEPA) : I410-ECN-0101-2023-470-000333220